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实验室的平面设计规划布局标准有外廊环绕式、内廊式、两端式。外廊环绕式是指洁净室外部有一圈走廊，作为参观路线与放置设备的区域；内廊式是指将洁净室布局在外围，走廊在中间，但是走廊要求的洁净程度需与洁净室工程同级。两端式洁净实验室布局是洁净室设在一边，准洁净室与辅助区在另一边。
洁净实验室的建设一般不是单独的，需要划分为三个区域才能进行日常实验，包括洁净区、准洁净区、辅助区。根据实验选址所在，面积大小进行分析，将三个区域进行合理的规划，从而组成一个完整的洁净实验室。
实验室净化工程管道线路布局复杂，根据布局区域方式不同，一般有技术夹层、夹道、竖井三种布局方式。技术夹层使用率比较高，因为它的送、回风管的断面比较大，效率高。技术夹道设置在墙内，采用轻质隔断，方便调整。技术竖井往往用于建筑结构的一部分，需要越层时使用的都是技术竖井。不管是哪种方面，表面要按照洁净室的内表面要求进行处理。
在洁净室进行实验，要表面其它会干扰到洁净程度的因素，进入洁净室的人流与物流要经过净化才能进入，条件允许的情况下人、物流路线都要单独设计，减少交叉感染。物品进入洁净实验室需要经过粗净化、多次净化、精净化阶段传递设施，洁净区要保持负压或者零压，避免污染源通过空气流入洁净区内。
